La crónica del fútbol huanuqueño encuentra en el Club Social Deportivo y Cultural Alianza Universidad a uno de sus máximos exponentes. Sus orígenes se remontan al 1 de enero de 1939, fecha en la que se constituyó bajo la denominación de Alianza Huánuco. Esta entidad surgió de la fusión de dos fuerzas tradicionales de la ciudad: el Sport Grau del barrio del Tingo y el Jorge Chávez de Iscuchaca Dulce. Desde su génesis.
Durante décadas, el equipo se erigió como un protagonista habitual de los torneos regionales y la Copa Perú, consolidando su prestigio en la zona centro del país. El primer hito de trascendencia nacional ocurrió en 1990. En aquella temporada, el club se alzó con el título de la Región V de los Campeonatos Regionales y selló su ingreso a la Primera División tras superar al Social Magdalena de Ayacucho. No obstante, su permanencia en la élite fue efímera, pues la campaña irregular de 1991, sumada a la reestructuración del certamen, decretó su pronto retorno al fútbol amateur.
El año 2004 marcó un punto de inflexión en la vida institucional. Fue entonces cuando se concretó la integración con el equipo de fútbol de la Universidad de Huánuco, adoptando su nombre actual. Esta alianza estratégica dotó al club de un mayor soporte organizacional y renovó su proyección deportiva sin sacrificar el arraigo popular que lo vio nacer.
Gracias al mérito deportivo acumulado, la institución recibió una invitación para integrarse a la Segunda División en 2012. Allí sostuvo la categoría con solvencia durante varias temporadas, peleando incluso los puestos de vanguardia en 2014, aunque el descenso volvió a tocar su puerta en 2016. Lejos de claudicar, el club orquestó su regreso en 2018 mediante una notable campaña en la Copa Perú. Tras alcanzar el subcampeonato del torneo, disputó el Cuadrangular de Ascenso, donde una serie de resultados favorables le permitió sellar su retorno a la máxima categoría.
La segunda etapa en la élite se desarrolló entre 2019 y 2021. Pese a mostrar momentos de buen fútbol y un inicio prometedor en la temporada 2020 antes de la pausa por la pandemia, la irregularidad de 2021 condenó al equipo a la baja. Sin embargo, la resiliencia institucional volvió a manifestarse en la Liga 2.
Tras quedar a un paso del objetivo en 2023, la temporada 2024 fue definitiva: Alianza Universidad dominó ambas fases del torneo, superó las semifinales con autoridad y se consagró campeón de la Segunda División, asegurando su lugar en la Liga 1 para 2025.
Con más de ochenta años de vida, el club reafirma su condición de patrimonio deportivo de Huánuco, caracterizado por su inagotable capacidad para reinventarse y competir.
